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Avis de Soutenance

Madame Emma SAULNIER

Sciences de l'évolution et de la Biodiversité

Soutiendra publiquement ses travaux de thèse intitulés

Phylodynamique des pathogènes viraux par calcul bayésien approché

dirigés par Monsieur Samuel ALIZON et Monsieur Olivier GASCUEL

Soutenance prévue le mardi 28 novembre 2017 à 9h00
Lieu :   IRD, 911 avenue Agropolis, BP 64501 34394 Montpellier Cedex 5
salle Amphithéâtre des plantes

Composition du jury proposé

M. Samuel ALIZON, CNRS Directeur de these
M. Olivier FRANÇOIS, Université J. Fourier, Grenoble Rapporteur
M. Christophe FRASER, Oxford Big Data Institute Rapporteur
Mme Pauline EZANNO, INRA Examinateur
Mme Catherine MATIAS, CNRS Examinateur
M. Emmanuel PARADIS, IRD Examinateur
M. Olivier GASCUEL, CNRS/Institut Pasteur CoDirecteur de these

 

Mots-clés : épidémiologie, phylogénie, calcul bayésien approché, virus, statistiques, bioinformatique

Résumé : 
Inférer des paramètres épidémiologiques à partir de phylogénies ou de données d'incidence est toujours un enjeu. D'une part, les approches basées sur les données d'incidence donnent souvent des estimations erronées du fait du biais d'échantillonnage important sur ce type de données. D'autre part, les approches utilisant les phylogénies reposent généralement sur des fonctions de vraisemblance exprimées à partir de modèles démographiques relativement simples et peu pertinents au regard des dynamiques épidémiologiques. A notre connaissance, il n'existe aucune méthode d'inférence utilisant les deux types de données, qui se base sur des modèles épidémiologiques. Ce travail de thèse a donc conduit au développement de méthodes de calcul bayésien approché qui ne nécessitent aucune fonction de vraisemblance. Ces approches sont basées sur des simulations à partir de modèles épidémiologiques, des techniques de régression et un grand nombre de statistiques de résumé qui permettent de capturer l'information épidémiologique des phylogénies et des données d'incidence. Nous avons comparé ces nouvelles méthodes de calcul bayésien approché à diverses approches existantes permettant d'inferer des paramètres épidémiologiques à partir de phylogénies ou de données d'incidence et obtenu des résultats tout au moins similaires. Ces approches nous ont ensuite permis d'étudier la dynamique de l'épidémie de virus Ebola de 2013-2016 en Sierra Leone et celle de l'épidémie de VIH-O au Cameroun. Ce travail est un premier pas vers l'application de méthodes sans-vraisemblance à des modèles complexes, de façon à aider les organismes de santé publique à établir des mesures de contrôle plus efficaces.

 

 

Tazzio TISSOT a le plaisir de vous inviter à sa soutenance de thèse qui aura lieu le lundi 16 octobre 2017 à 9:00 dans l'Amphithéâtre des Plantes du Centre IRD de Montpellier.

Une approche multi-échelle des processus écologiques et évolutifs impliqués dans le cancer

 

 

Le jury sera composé de :
Mme Anne CHARMANTIER, CEFE, Examinatrice
Mme Lucie LAPLANE, IHPST, Examinatrice
Mme Dominique PONTIER, Université Claude Bernard, Rapporteure
M. Benjamin ROCHE, UMMISCO, Directeur de thèse
M. Frédéric THOMAS, MIVEGEC, Directeur de thèse
M. Minus VAN BAALEN, Ecole Normale Supérieure, Rapporteur


Résumé :
Le cancer est une pathologie caractérisée par la transformation de cellules de l’organisme, et leur prolifération incontrôlée aux dépens de l’organisme. Elle peut toucher tout tissu de l’organisme, et menacer la survie des patients à terme. Ce phénomène est souvent interprété comme une dégénérescence de l’organisme au cours du vieillissement, mais ce paradigme ne suffit pas à embrasser toute la complexité de cette maladie. En effet, la progression cancéreuse est basée sur des mutations qui nourrissent une prolifération différentielle des cellules, et elle peut donc être décrite par une dynamique écologique et évolutive. En outre, les manifestations du cancer sont extrêmement répandues dans tout le vivant, et peuvent être attribuées à l’émergence des organismes multicellulaires il y a un milliard d’années. Le cancer a donc toujours représenté une contrainte sur l’évolution des organismes. La compréhension globale du cancer nécessite donc d’élucider comment les dynamiques éco évolutives intra- et inter-organisme s’influencent mutuellement au cours des temps évolutifs. A l’aide de conceptualisation et d’approches théoriques, nous montrons qu’une approche multi-échelle offre de nouvelles perspectives sur les processus écologiques et évolutifs impliqués dans le cancer. A l’échelle intra-tumorale, nous nous concentrons sur les interactions entre cellules cancéreuses et au rôle structurant que ces interactions peuvent avoir dans les écosystèmes tumoraux. Nous montrons notamment que la fréquence des interactions diminue la diversité clonale durant l’expansion tumorale. A l’échelle populationnelle, nous formulons et explorons une hypothèse sur l’origine de la forte fréquence des cancers héréditaires : les défenses anti cancer sélectionnées dans les environnements cancérogènes pourraient compenser la progression cancéreuse, et donc autoriser la persistance d’allèles pro-oncogéniques à l’équilibre mutation-dérive. Nous considérons enfin les interactions réciproques entre évolution des organismes et évolution des cellules cancéreuses : spécifiquement l’évolution emboîtée de la résistance et de la tolérance au cancer, et l’évolution de stratégies de manipulation de l’hôte chez les cellules cancéreuses. Nous montrons notamment que l’évolution intra individuelle favorise la tolérance, tandis que l’évolution inter-individuelle favorise la résistance.

Mots-clés : cancer, écologie, évolution, approche multi-échelle.

 

 

Camille JACQUELINE a le plaisir de vous inviter à sa soutenance de thèse qui aura lieu le mercredi 18 octobre 2017 à 09:00 à l'Amphithéâtre des Plantes du Centre IRD de Montpellier,

Communautés d’agents infectieux et incidence des cancers :
le rôle de l’écologie du système immunitaire

 

Le jury sera composé de :
M. François RENAUD, MIVEGEC, Directeur de thèse
M. Bernard CAZELLES, UPMC, Rapporteur
M. Lluis QUINTANA-MURCI, Institut Pasteur, Rapporteur
Mme Nathalie BONNEFOY, IRCM, Examinatrice
Mme Delphine CASABONNE, ICO, Examinatrice
M. Bruno LEMAITRE, Ecole Polytechnique de Lausanne, Examinateur

Résumé :
Le cancer est un problème majeur en santé humaine représentant l’une des principales causes de décès dans le monde. Depuis le début du 20ème siècle, le parasitisme a émergé comme un facteur déterminant pour expliquer la vulnérabilité face au cancer, avec un nombre croissant d’agents infectieux reconnus comme oncogènes. En parallèle, les virus oncolytiques ont attiré une attention considérable pour leur intérêt thérapeutique. Cependant, le rôle des autres agents infectieux dans le développement du cancer est resté largement inexploré même s’ils sont l’un comme l’autre soumis aux pressions du système immunitaire. Ainsi, l’objectif de cette thèse a été d’évaluer l’implication des communautés d’agents infectieux, non-oncogènes et non-oncolytiques, dans le processus cancéreux. Grâce à un modèle de tumeur chez la drosophile, nous avons pu démontrer que les infections sont capables de modifier l’équilibre du système immunitaire avec des conséquences significatives sur l’accumulation des cellules cancéreuses. Considérant que les humains sont exposés à de nombreuses infections de manière successive ou concomitante au cours de leur vie, nous avons pu montrer que l’histoire personnelle d’infection module le risque cancéreux via les perturbations continues qu’elle inflige au système immunitaire. Enfin, les résultats obtenus par l’analyse de jeux de données à l’échelle mondiale suggèrent que les agents infectieux sont également capables d’altérer l’incidence des cancers d’origine infectieuse en interagissant avec les agents oncogènes au sein des communautés infectieuses. À la lumière des interactions réciproques entre infections et cancer, il semble indispensable d’évaluer la pertinence des nouvelles approches de lutte contre le cancer dans le contexte des maladies transmissibles.

Mots-clés : infections, cancer, système immunitaire, immuno-écologie, drosophiles.